琼脂糖凝胶电泳是用琼脂或琼脂糖作支持介质的一种电泳方法。对于分子量较大的样品，如大分子核酸、病毒等，一般可采用孔径较大的琼脂糖凝胶进行电泳分离。琼脂糖凝胶约可区分相差100bp的dna片段，其分辨率虽比聚丙烯酰胺凝胶低，但它制备容易，分离范围广，尤其适于分离大片段dna。普通琼脂糖凝胶分离dna的范围为0.2-20kb，利用脉冲电泳，可分离高达10^7bp的dna片段。
操作流程
准备干净的配胶板和电泳槽
注意dna酶污染的仪器可能会降解dna，造成条带信号弱、模糊甚**缺失的现象。
选择电泳方法
一般的核酸检测只需要琼脂糖凝胶电泳就可以；如果需要分辨率高的电泳，特别是只有几个bp的差别应该选择聚丙烯酰胺凝胶电泳；用普通电泳不合适的巨大dna链应该使用脉冲凝胶电泳。注意巨大的dna链用普通电泳可能跑不出胶孔导致缺带。
正确选择凝胶浓度
对于琼脂糖凝胶电泳，浓度通常在0.5～2％之间，低浓度的用来进行大片段核酸的电泳，高浓度的用来进行小片段分析。低浓度胶易碎，小心操作和使用质量好的琼脂糖是解决办法。注意高浓度的胶可能使分子大小相近的dna带不易分辨，造成条带缺失现象。
适合的电泳缓冲液
常用的缓冲液有tae和tbe，而tbe比tae有着更好的缓冲能力。电泳时使用新制的缓冲液可以明显提高电泳效果。注意电泳缓冲液多次使用后，离子强度降低，ph值上升，缓冲性能下降，可能使dna电泳产生条带模糊和不规则的dna带迁移的现象。
电泳的合适电压和温度
电泳时电压不应该超过20v/cm，电泳温度应该低于30℃，对于巨大的dna电泳，温度应该低于15℃。注意如果电泳时电压和温度过高，可能导致出现条带模糊和不规则的dna带迁移的现象。特别是电压太大可能导致小片段跑出胶而出现缺带现象
dna样品的纯度和状态
是电压太大可能导致小片段跑出胶而出现缺带现象dna样品的纯度和状态注意样品中含盐量太高和含杂质蛋白均可以产生条带模糊和条带缺失的现象。乙醇沉淀可以去除多余的盐，用酚可以去除蛋白。注意变性的dna样品可能导致条带模糊和缺失，也可能出现不规则的dna条带迁移。在上样前不要对dna样品加热，用20mm nacl缓冲液稀释可以防止dna变性。
dna的上样
正确的dna上样量是条带清晰的保证。注意太多的dna上样量可能导致dna带型模糊，而太小的dna上样量则导致带信号弱甚**缺失。tiangen公司dna分子量标准每次上样6ul即可得到清晰均匀的条带。
marker的选择
dna电泳一定要使用dna marker或已知大小的正对照dna来估计dna片段大小。marker应该选择在目标片段大小附近ladder较密的，这样对目标片段大小的估计才比较准确。tiangen公司的dna marker条带清晰，亮度均匀，质量稳定，是您实验的**。需要注意的是marker的电泳同样也要符合dna电泳的操作标准。如果选择λdna/hindiii或者λdna/ecori的酶切marker，需要预先65℃加热5min，冰上冷却后使用。从而避免hindiii或ecori酶切造成的粘性接头导致的片段连接不规则或条带信号弱等现象。
凝胶的染色和观察
实验室常用的核酸染色剂是溴化乙啶（eb），染色效果好，操作方便，但是稳定性差，具有毒性。而其他系列例如sybr green，gelred，虽然毒性小，但价格昂贵。tiangen公司的genegreen相比则是性价比高的低毒替代染料，其灵敏度比传统eb染料高10倍以上。注意观察凝胶时应根据染料不同使用合适的光源和激发波长，如果激发波长不对，条带则不易观察，出现条带模糊的现象。
步骤如下：
1. 制备1%琼脂糖凝胶(大胶用70ml,小胶用50ml): 称取0.7 g(0.5 g)琼脂糖置于锥形瓶中,加入70 ml(50ml)1×tae,瓶口倒扣小烧杯.微波炉加热煮沸3次**琼脂糖全部融化,摇匀,即成1.0%琼脂糖凝胶液.
2. 胶板制备:取电泳槽内的有机玻璃内槽(制胶槽)洗干净,晾干,放入制胶玻璃板.取透明胶带将玻璃板与内槽两端边缘封好,形成模子.将内槽置于水平位置,并在固定位置放好梳子.将冷却到65℃左右的琼脂糖凝胶液混匀小心地倒入内槽玻璃板上,使胶液缓慢展开,直到整个玻璃板表面形成均匀胶层.室温下静置直**凝胶wan全凝固,垂直轻拔梳子,取下胶带,将凝胶及内槽放入电泳槽中.添加
1×tae电泳缓冲液**没过胶板1-2㎜为止.
3. 加样:在点样板或parafilm上混合dna样品和上样缓冲液,上样缓冲液的**终稀释倍数应不小于1x.用10 ul微量移液器分别将样品加入胶板的样品小槽内,每加完一个样品,应更换一个加样头,以防污染,加样时勿碰坏样品孔周围的凝胶面.(注意:加样前要先记下加样的顺序).
4. 电泳:加样后的凝胶板立即通电进行电泳,电压60-100v,样品由负极(黑色)向正极(红色)方向移动.电压升高,琼脂糖凝胶的有效分离范围降低.当溴酚蓝移动到距离胶板下沿约1cm处时,停止电泳.
(5)电泳完毕后,取出凝胶,用含有0.5 ug/ml的溴化乙锭1×tae溶液染色约20 min,再用清水漂洗10 min.
(6)观察照相:在紫外灯下观察,dna存在则显示出红色荧光条带,采用凝胶成像系统拍照保存.